Самые древние постройки на территории Японии, относящиеся к неолиту, находят на севере страны. Самая известная из них - алтарь в местечке Ою. Он был возведен примерно в 2000 году до н.э. Алтарь представляет собой круг диаметром 46,5 метров, выложенный из крупных камней, а в центре вертикально установлен самый большой. Эмоциональное отношение к камням и скалам в древней Японии было отчасти связано с фаллическими культами. От среднего и позднего периода Дзёмон (15-4 века до н. э.) сохранились специальные алтари этого культа. Различие камней, выражающих мужской принцип и выражающих женский принцип, берущее начало в этом древнейшем периоде, сохранилось вплоть до позднего средневековья, а при устройстве садов это различие всегда учитывалось в композиционной схеме.